Desde niño ayudaba a su padre en el taller artístico que este tenía en Santiago de Compostela. A los dieciséis años comenzó a pintar influido por dos amigos que acudían asiduamente al negocio familiar: Álvaro Soto, hombre bohemio al que le gustaba pintar temas marineros, y Jacobo Abella, que fue su primer maestro.
Asistió durante un año a las clases que impartía el pintor Mariano Tito Vázquez, donde copiaba naturalezas muertas y modelos al natural. En 1911 recibió su primer encargo importante: el artesonado situado bajo los órganos, el ábside y la bóveda de la catedral de Mondoñedo. Un año después participa en la Exposición de Arte Gallego que se celebra en el Centro Gallego de Madrid donde obtuvo un gran éxito. Allí conoce al arquitecto Antonio Palacios y al paisajista Bello Piñeiro, con quien trabó una gran amistad. La muerte de su padre lo obligó a dejar la pintura y a ocuparse del taller para ayudar a su familia. Por fortuna, el Ayuntamiento de Santiago de Compostela le concede la llamada «bolsa del pobre» para estudiar en Madrid durante tres meses. En la capital, el escultor Francisco Asorey le presenta a sus amigos, importantes artistas de la época, como el dibujante Manuel Bujados o el pintor Romero de Torres. Juan Luis empieza a ser ya un pintor reconocido, con importantes encargos entre los que destaca la restauración del retablo de la iglesia de Arcos de Furcos, que le permitió conocer a la hermana del párroco, Josefa, con la que se casó en 1918 y se trasladaron a Madrid.
Desde 1917 asistió muchas veces a la Exposición Nacional de Bellas Artes que se celebraba en la capital. Ese mismo año, le otorgaron la tercera medalla por el cuadro Florisel. Las favorables críticas hacia sus obras hicieron que su prestigio siguiera subiendo. Fueron muchos los premios recibidos a lo largo de su trayectoria artística, como la primera medalla en la Exposición Nacional de 1942 o el Premio Anual de las Artes de la Diputación de A Coruña en 1974.
En 1926 le fue concedida una beca de estudios en el extranjero. Viaja a París, donde coincide con Carlos Maside y el escritor Felipe Fernández Armesto. Con ellos recorre la ciudad y asiste a reuniones de artistas y literatos en los cafés de Montmartre y Montparnasse. A su vuelta a Galicia, declaró en varias ocasiones que había sido Van Gogh el artista que más le había impactado. En 1930 obtuvo de nuevo una beca de estudios de la Diputación de A Coruña para visitar durante tres meses museos y galerías de Italia, Suiza y Francia.
Durante la Guerra Civil fue colaborador artístico y literario en distintos periódicos: El Ideal Gallego, Faro de Vigo y El Correo Gallego. En 1941 se estableció en Barcelona, donde pasó a formar parte del claustro de profesores de la Escuela Superior de Bellas Artes gracias a la obtención de su cátedra, concedida por unanimidad. Fue nombrado académico correspondiente de la Real Academia de Bellas Artes de San Fernando en el año 1967.
Su pintura, que en sus comienzos tiene un fuerte acento literario del mundo valleinclanesco, evolucionó para centrar sus preocupaciones en una temática costumbrista surgida de sus observaciones de la vida campesina: tipos, escenas y mujeres que traslada a sus lienzos. Sus obras se pueblan de escenas relacionadas con las labores del campo. Técnicamente, el grosor de la materia con toda su fuerza expresiva, la frontalidad, el equilibrio de las composiciones y la vitalidad del color dan un acento propio a toda su producción.
